Run ID: SRR11972212
Sample name:
Date: 03-04-2023 05:32:09
Number of reads: 360336
Percentage reads mapped: 50.01
Strain: lineage2.2.1.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
lineage2.2.1.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD150 | RD105;RD207;RD181;RD150 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.67 | isoniazid |
thyX | 3067961 | c.-16C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | para-aminosalicylic_acid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrB | 6076 | c.837C>T | synonymous_variant | 0.2 |
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mshA | 576211 | c.864C>A | synonymous_variant | 0.22 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762320 | c.2514C>A | synonymous_variant | 0.33 |
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rpoC | 764881 | c.1512G>A | synonymous_variant | 0.2 |
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rplC | 801441 | c.633G>A | synonymous_variant | 0.11 |
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eis | 2714846 | p.Val163Ile | missense_variant | 1.0 |
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