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Run: SRR6044817
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Run ID: SRR6044817

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:47:54

Number of reads: 1488724

Percentage reads mapped: 82.1

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576604 c.1257G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472991 n.1146G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473000 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475596 n.1939G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475759 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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