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Run: SRR6045445
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Run ID: SRR6045445

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:59:24

Number of reads: 2545083

Percentage reads mapped: 83.84

Strain: lineage4.3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
lineage4.3.1.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471660 n.-186G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067966 c.-21G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
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