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Run: SRR6046089
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Run ID: SRR6046089

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:10:54

Number of reads: 2342704

Percentage reads mapped: 84.81

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.98
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472784 n.939A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473663 n.6A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473705 n.48G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475780 n.2123A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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