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Run: SRR6982430
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Run ID: SRR6982430

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:37:07

Number of reads: 282358

Percentage reads mapped: 84.64

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.98
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
embB 4247652 p.Ser380Asn missense_variant 0.12 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 0.89
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575805 p.Ser153Trp missense_variant 0.13
ccsA 619788 c.-103G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoB 759638 c.-169T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 760097 p.Met97Ile missense_variant 0.11
rpoC 763298 c.-72A>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 764183 p.Ala272Thr missense_variant 0.14
rpoC 764275 p.Phe302Leu missense_variant 0.2
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766970 p.Ala1201Ser missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778999 p.Asn4Asp missense_variant 0.25
mmpR5 779071 p.Glu28* stop_gained 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303227 c.297G>C synonymous_variant 0.14
fbiC 1303244 p.Cys105Ser missense_variant 0.12
fbiC 1304682 c.1752C>A synonymous_variant 0.12
fbiC 1304979 c.2049C>T synonymous_variant 0.12
fbiC 1305374 p.Thr815Asn missense_variant 0.13
Rv1258c 1407101 c.240G>A synonymous_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472403 n.558G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472418 n.573T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
fabG1 1673932 p.Arg165Ser missense_variant 0.17
fabG1 1673986 p.Pro183Thr missense_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154534 c.1578G>A synonymous_variant 0.22
katG 2156403 c.-292A>G upstream_gene_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289211 p.Asn11Asp missense_variant 0.12
pncA 2289860 c.-619A>T upstream_gene_variant 0.22
ahpC 2726740 p.Pro183Gln missense_variant 0.11
Rv2752c 3064914 c.1278T>A synonymous_variant 0.12
thyA 3073823 c.648delA frameshift_variant 0.14
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475106 p.Val367Ala missense_variant 0.12
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
Rv3236c 3612431 p.Val229Glu missense_variant 0.18
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038258 p.Ala816Val missense_variant 0.25
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4239819 c.-44G>T upstream_gene_variant 0.13
embC 4241564 p.Ile568Val missense_variant 0.29
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267582 p.Gly419Trp missense_variant 0.22
aftB 4268169 c.667delG frameshift_variant 0.22
ubiA 4268931 p.Phe301Leu missense_variant 0.18
ubiA 4269900 c.-67C>A upstream_gene_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
gid 4408199 p.Ser2Pro missense_variant 0.11