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Run: SRR8346061
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Run ID: SRR8346061

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:18:31

Number of reads: 261533

Percentage reads mapped: 34.02

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288785 c.456delC frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247399 p.Asn296His missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327363 c.110delA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303809 p.Gln293His missense_variant 0.4
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276_1277insA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474029 n.372G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1673406 c.-796C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067414 p.Ala178Ser missense_variant 0.29
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568853 c.-174G>T upstream_gene_variant 0.15
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiB 3642462 p.Leu310Val missense_variant 1.0
rpoA 3877949 p.Thr187Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ubiA 4269298 p.Ile179Thr missense_variant 1.0
ethA 4327713 c.-240A>C upstream_gene_variant 0.25
whiB6 4338371 p.Thr51Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0