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Run: ERR4772206
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Run ID: ERR4772206

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:45:04

Number of reads: 1885878

Percentage reads mapped: 81.11

Strain: La1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.2 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7821 c.520C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759730 c.-77A>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472754 n.909G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474983 n.1326A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475189 n.1532G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475748 n.2091G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475895 n.2238C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475913 n.2256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475914 n.2257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475921 n.2264A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475924 n.2267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475932 n.2275T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475939 n.2282G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475944 n.2287G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476785 n.3128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102106 p.Gly313Arg missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3065888 p.Val102Ile missense_variant 1.0
thyX 3067786 p.Thr54Ala missense_variant 0.98
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fbiD 3339154 p.Ile13Leu missense_variant 1.0
Rv3083 3448745 p.Ile81Ser missense_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473891 c.-116A>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiA 3640494 c.-49C>A upstream_gene_variant 0.14
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.14
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 0.92
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247173 c.660G>A synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407743 p.Arg154Trp missense_variant 1.0