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Run: ERR4816184

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Run ID: ERR4816184

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:17:16

Number of reads: 819811

Percentage reads mapped: 89.61

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766519 c.3150C>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471985 n.140T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472484 n.639_640insC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475170 n.1513A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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