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Run: ERR4817497
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Run ID: ERR4817497

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:01:43

Number of reads: 3671679

Percentage reads mapped: 92.22

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 6995 p.Glu586Lys missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777323 c.1158C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.5G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474104 n.447G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
gid 4408385 c.-183C>T upstream_gene_variant 1.0