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Run: ERR4820256
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Run ID: ERR4820256

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:34:39

Number of reads: 1656628

Percentage reads mapped: 85.65

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472114 n.269A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474183 n.527delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475903 n.2246C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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