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Run: ERR4820777
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Run ID: ERR4820777

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:52:19

Number of reads: 1244691

Percentage reads mapped: 93.4

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5728 c.489G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.14
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475836 n.2179C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.17
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.18
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.21
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.23
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.19
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834360 c.819G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834375 c.834G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878432 c.76C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4244859 p.Gly543Arg missense_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0