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Run: ERR4821331
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Run ID: ERR4821331

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:11:53

Number of reads: 3799755

Percentage reads mapped: 88.5

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.11
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.11
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.11
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.11
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.1
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.1
rrl 1473409 n.-248delG upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474241 n.584G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474253 n.596A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474254 n.597C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474285 n.630_631delTC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065008 p.Pro395Gln missense_variant 0.17
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269864 c.-31C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0