Run ID: ERR6197035
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:49:57
Number of reads: 1745073
Percentage reads mapped: 95.33
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.29 |
rpoC | 762989 | c.-381G>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoB | 763005 | p.Cys1067Gly | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 763468 | c.99G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763483 | c.114G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763534 | c.165T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 763546 | c.177A>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763550 | p.Tyr61Ala | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763573 | c.204G>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763578 | p.Phe70Tyr | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 763594 | c.225C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764632 | c.1263T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.11 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
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rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rpsA | 1834294 | c.753G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpsA | 1834298 | p.Gln253Glu | missense_variant | 0.1 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170675 | c.-63G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
eis | 2714892 | c.441G>T | synonymous_variant | 0.11 |
pepQ | 2859961 | p.Ala153Gly | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4249732 | c.3219C>G | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |