Run ID: SRR13180370
Sample name:
Date: 03-04-2023 08:20:19
Number of reads: 1413434
Percentage reads mapped: 91.31
Strain: lineage4.1.4
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.4 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 778042 | p.Ala147Thr | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472677 | n.832C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476227 | n.2570C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
ethR | 4327567 | p.Ser7Arg | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |