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Run: SRR6045321
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Run ID: SRR6045321

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:56:57

Number of reads: 1432601

Percentage reads mapped: 83.69

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.23
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576581 c.1236_1272delACGGGGACGGGTGATGAGCCGGGCGGCGGCACGGCAC frameshift_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777572 c.909C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305434 p.Ala835Val missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474715 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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