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Run: SRR6045642
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Run ID: SRR6045642

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:03:10

Number of reads: 1733366

Percentage reads mapped: 86.17

Strain: lineage3.1.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.2 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326519 c.950_954delTTGAA frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473286 n.1441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475757 n.2101_2110delACCCGCAAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112_2113insAGTCTTTTGACTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476080 n.2423T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476097 n.2440C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519128 c.1016delC frameshift_variant 0.12
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087476 c.657C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878531 c.-24A>G upstream_gene_variant 0.17
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326176 p.Glu433Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0