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Run: SRR8692894
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Run ID: SRR8692894

Sample name:

Date: 13-08-2023 21:37:00

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.96 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8249 p.Ile316Met missense_variant 0.1
gyrA 8267 c.966G>C synonymous_variant 0.11
gyrA 8270 c.969G>C synonymous_variant 0.11
gyrA 8285 p.Ile328Met missense_variant 0.11
gyrA 8288 c.987T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760508 c.702G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760511 c.705G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763531 c.162G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 766750 c.3381C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 766765 c.3396A>C synonymous_variant 0.12
rpoC 766771 c.3402G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 766774 c.3405T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 766775 p.Arg1136Lys missense_variant 0.12
rpoC 766798 c.3429C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 766804 c.3435A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 766807 c.3438T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 767002 c.3633G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 767014 c.3645G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 767023 c.3654C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 767035 c.3666G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 767098 c.3729T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 767104 c.3735C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 767106 p.Asn1246Met missense_variant 0.15
rpoC 767119 c.3750A>G synonymous_variant 0.15
mmpL5 776715 p.Lys589Arg missense_variant 0.11
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471951 n.106G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471980 n.135G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472063 n.218C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472077 n.232C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472324 n.479G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474350 n.693G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474408 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474762 n.1105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475647 n.1990G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476240 n.2583G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476310 n.2653G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476710 n.3053C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834666 c.1125G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834690 c.1149T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834700 p.Gln387Ala missense_variant 0.15
rpsA 1834705 c.1164C>G synonymous_variant 0.15
rpsA 1834732 c.1191T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834738 p.Glu399Asp missense_variant 0.11
rpsA 1834753 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834765 p.Glu408Asp missense_variant 0.1
PPE35 2168729 c.1884C>A synonymous_variant 0.12
PPE35 2169635 p.Ser326Arg missense_variant 0.12
rpoA 3877617 c.891G>C synonymous_variant 0.11
rpoA 3877656 c.852T>C synonymous_variant 0.12
rpoA 3877665 c.843C>G synonymous_variant 0.11
rpoA 3877692 c.816G>C synonymous_variant 0.11
rpoA 3877728 c.780C>G synonymous_variant 0.1
rpoA 3878491 p.Arg6Leu missense_variant 0.11