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Run: DRR184932
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Run ID: DRR184932

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:21:12

Number of reads: 746342

Percentage reads mapped: 66.17

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.96
mshA 576750 p.Lys468Thr missense_variant 0.25
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.33
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472054 n.210_212delCGC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472065 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472067 n.222G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474147 n.490A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475989 n.2332T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476019 n.2362G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476026 n.2369T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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