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Run: ERR4188375
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Run ID: ERR4188375

Sample name:

Date: 01-04-2023 05:02:51

Number of reads: 42703

Percentage reads mapped: 4.07

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303769 p.Ser280Leu missense_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1109_1112delTCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
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ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
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