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Run: ERR4769503
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Run ID: ERR4769503

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:43:03

Number of reads: 895595

Percentage reads mapped: 37.75

Strain: La1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.2 M.bovis None None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 0.95
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 0.96
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7821 c.520C>T synonymous_variant 0.93
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472953 n.1111_1112delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474720 n.1063C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474799 n.1142G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474844 n.1187G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476572 n.2915G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102106 p.Gly313Arg missense_variant 0.96
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3065888 p.Val102Ile missense_variant 0.96
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rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
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