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Run: ERR4816397
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Run ID: ERR4816397

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:24:28

Number of reads: 1510333

Percentage reads mapped: 82.25

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761575 c.1771dupC frameshift_variant 0.2
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764387 c.1018_1020delTTGinsCTC synonymous_variant 0.11
rpoC 764398 c.1029G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.13
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416290 p.Gln353Pro missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473363 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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