TB-Profiler result

Run: ERR4818265
Summary

Run ID: ERR4818265

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:27:45

Number of reads: 690592

Percentage reads mapped: 83.67

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8737 p.Val479Glu missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762258 p.Ile818Phe missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472858 n.1013G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472879 n.1034T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473293 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474687 n.1030C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476327 n.2670A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1833439 c.-103G>T upstream_gene_variant 0.14
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.18
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.17
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.18
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.2
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.15
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834360 c.819G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834375 c.834G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834387 c.846C>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834668 p.Ala376Val missense_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170392 p.Gly74Ala missense_variant 0.15
PPE35 2170400 c.213G>C synonymous_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641009 p.Ile156Asn missense_variant 0.18
clpC1 4040242 p.Thr155Ala missense_variant 0.11
clpC1 4040249 p.Glu152Gly missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338260 p.Arg88Trp missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0