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Run: ERR4819765
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Run ID: ERR4819765

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:17:35

Number of reads: 967777

Percentage reads mapped: 82.01

Strain: lineage4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491611 p.Ile277Val missense_variant 0.1
mshA 575698 c.351C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.18
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.15
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.14
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.15
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.18
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.19
rpoC 764092 p.Tyr241* stop_gained 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764575 c.1206T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777310 p.Gly391Ser missense_variant 1.0
mmpL5 778350 p.Ala44Asp missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781656 p.Val33Ile missense_variant 0.14
Rv1258c 1406943 c.397_398insGC frameshift_variant 0.11
Rv1258c 1406948 c.391_392delGC frameshift_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rpsA 1834141 p.Ser200Arg missense_variant 0.11
rpsA 1834888 c.1347G>T synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918532 p.Val198Asp missense_variant 0.14
katG 2154512 p.Gly534Trp missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289459 c.-218G>T upstream_gene_variant 0.12
folC 2747605 c.-7C>A upstream_gene_variant 0.11
thyX 3067977 c.-32G>A upstream_gene_variant 0.11
thyA 3074221 p.Ala84Val missense_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474774 c.768G>C synonymous_variant 1.0
whiB7 3568418 c.250_261delGGACGTCCGCGC conservative_inframe_deletion 1.0
alr 3841505 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040582 c.123G>T synonymous_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326117 p.Thr453Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0