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Run: ERR4822222

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Run ID: ERR4822222

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:42:28

Number of reads: 1020677

Percentage reads mapped: 86.47

Strain: lineage3.1.2.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.2 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576257 p.Ser304Gly missense_variant 0.18
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.33
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.11
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.16
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.21
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.2
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473913 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474459 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475526 n.1869C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918066 p.Ala43Pro missense_variant 0.25
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169582 p.Ser344Tyr missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746223 c.1375delG frameshift_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087476 c.657C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038169 p.Ala846Pro missense_variant 0.11
clpC1 4038174 p.Glu844Gly missense_variant 0.15
clpC1 4038178 p.Pro843Ser missense_variant 0.11
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326176 p.Glu433Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407679 p.Arg175Gln missense_variant 0.11