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Run: ERR7821222
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Run ID: ERR7821222

Sample name:

Date: 02-04-2023 06:25:53

Number of reads: 2327390

Percentage reads mapped: 88.48

Strain: lineage4.8.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.1 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.28
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339040 c.-78T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642874 p.Leu447Arg missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0