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Run: ERR9117841
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Run ID: ERR9117841

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Date: 02-04-2023 09:33:03

Number of reads: 1420718

Percentage reads mapped: 70.58

Strain: lineage4.8.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.2 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8135 c.834C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.35
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776891 p.Gln530His missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475759 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.24
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0