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Run: ERR983241
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Run ID: ERR983241

Sample name:

Date: 02-04-2023 13:17:14

Number of reads: 1331353

Percentage reads mapped: 82.53

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472753 n.908A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2156070 c.41delG frameshift_variant 1.0 isoniazid
ethA 4326402 c.1065_1071delTATCGAC frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.36
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763460 p.Pro31Ser missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472715 n.870C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472825 n.980G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472826 n.981G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472837 n.993delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472877 n.1032T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476081 n.2424A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476082 n.2425T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476086 n.2429G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476100 n.2443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476113 n.2456T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476123 n.2466G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476266 n.2609G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476279 n.2622G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476281 n.2624T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476339 n.2682G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476356 n.2699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476384 n.2727G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476521 n.2864C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476772 n.3115C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
fabG1 1673453 p.Ala5Val missense_variant 0.13
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167685 p.Asn976Lys missense_variant 0.12
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.16
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289425 c.-184A>T upstream_gene_variant 0.11
pncA 2289987 c.-746C>T upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067286 c.660C>T synonymous_variant 0.98
thyA 3074641 c.-170C>T upstream_gene_variant 0.26
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449919 p.Ile472Met missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3877960 p.Val183Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326010 c.1464G>C synonymous_variant 1.0
ethA 4326676 p.Ser266Arg missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0