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Run: SRR11349159
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Run ID: SRR11349159

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:53:47

Number of reads: 7240747

Percentage reads mapped: 94.29

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289202 p.Cys14Arg missense_variant 0.99 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
embB 4248002 p.Gln497Lys missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326333 p.Ala381Pro missense_variant 1.0 ethionamide
gid 4407967 p.Leu79Ser missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.32
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475759 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2221939 p.Arg409Gln missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289165 p.Ala26Val missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.39
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.15
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0