Run ID: SRR1173704
Sample name:
Date: 03-04-2023 03:30:03
Number of reads: 1270110
Percentage reads mapped: 68.82
Strain: lineage4.6.1.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.1 | Euro-American (Uganda) | T2 | RD724 | 0.99 |
lineage4.6.1.1 | Euro-American | T2-Uganda | RD724 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7539 | p.Thr80Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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mshA | 576256 | c.909C>A | synonymous_variant | 0.13 |
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fabG1 | 1673914 | p.Gly159Arg | missense_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3064886 | p.Ala436Ser | missense_variant | 0.13 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407921 | c.282A>G | synonymous_variant | 0.12 |