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Run: SRR18911555
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Run ID: SRR18911555

Sample name:

Date: 03-04-2023 20:43:35

Number of reads: 1887971

Percentage reads mapped: 96.32

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6818 p.Ile527Val missense_variant 1.0
gyrA 7361 c.60C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475759 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289335 c.-94T>C upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038408 p.Pro766Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0