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Run: SRR19303917
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Run ID: SRR19303917

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:13:47

Number of reads: 2742364

Percentage reads mapped: 96.58

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473800 n.143G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473908 n.251C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169221 c.1392T>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2170623 c.-11G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714955 c.378C>T synonymous_variant 1.0
folC 2746448 p.Asp384Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0