Run ID: SRR22048474
Sample name:
Date: 04-04-2023 03:52:02
Number of reads: 2237702
Percentage reads mapped: 97.88
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761139 | p.His445Asn | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5390 | p.Asp51His | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303747 | p.Thr273Ala | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474476 | n.819C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474496 | n.839C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474497 | n.840G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474507 | n.850G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474529 | n.872A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474530 | n.873G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474539 | n.882C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474540 | n.883T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474558 | n.901G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474584 | n.927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474627 | n.970G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474636 | n.979A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474637 | n.980C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474639 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474883 | n.1226T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474932 | n.1275C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475722 | n.2065G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475751 | n.2094C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475752 | n.2095C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475758 | n.2101A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475883 | n.2226A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475937 | n.2280A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475963 | n.2306G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475970 | n.2313C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475975 | n.2318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475978 | n.2321C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475993 | n.2336C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475998 | n.2341C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476001 | n.2344T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339260 | p.Thr48Ile | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448500 | c.-4A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448501 | c.-3G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4039285 | p.Asp474His | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4268548 | c.289C>T | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |