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Run: SRR6045683
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Run ID: SRR6045683

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:03:23

Number of reads: 161611

Percentage reads mapped: 8.39

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.29
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.33
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.3
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.3
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.44
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.3
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.38
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.43
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777431 c.1050A>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472955 n.1110C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472991 n.1146G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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