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Run: SRR6046764
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Run ID: SRR6046764

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:23:00

Number of reads: 1537959

Percentage reads mapped: 72.04

Strain: lineage4.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472339 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472368 n.523A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.16
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747212 c.387G>T synonymous_variant 0.98
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475202 p.Pro399Arg missense_variant 1.0
rpoA 3877728 c.780C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0