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Run: ERR2513401
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Run ID: ERR2513401

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:39:28

Number of reads: 1298768

Percentage reads mapped: 80.29

Strain: lineage3

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779482 p.Asp165Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800678 c.-131C>T upstream_gene_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472043 n.198T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
fabG1 1673631 p.Asp64Glu missense_variant 0.15
fabG1 1673945 p.Arg169Leu missense_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102538 c.504delC frameshift_variant 0.18
ndh 2102735 p.Leu103Ser missense_variant 0.14
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PPE35 2170266 p.Gly116Asp missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288893 c.349C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
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eis 2715016 p.Arg106His missense_variant 0.12
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ahpC 2726115 c.-78C>A upstream_gene_variant 1.0
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embA 4242511 c.-722G>C upstream_gene_variant 0.11
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