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Run: ERR2515077
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Run ID: ERR2515077

Sample name:

Date: 20-10-2023 12:40:27

Number of reads: 1299486

Percentage reads mapped: 97.01

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.98
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169073 c.1523_1540delTGCCGTCGTTGACGATTCinsG frameshift_variant&missense_variant 1.0
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3338976 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0