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Run: ERR4188187
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Run ID: ERR4188187

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:56:54

Number of reads: 171420

Percentage reads mapped: 12.05

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575860 c.513G>A synonymous_variant 0.5
mshA 576066 p.Pro240Leu missense_variant 0.4
mshA 576118 c.771C>A synonymous_variant 0.5
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764218 p.Asn283Lys missense_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471661 n.-185C>T upstream_gene_variant 0.33
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476595 n.2938C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918301 p.Ser121* stop_gained 0.25
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 0.83
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155499 p.Leu205Ile missense_variant 0.18
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
Rv2752c 3065988 p.Glu68Asp missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
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fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327352 p.Met41Thr missense_variant 0.29
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0