TB-Profiler result

Run: ERR473341
Summary

Run ID: ERR473341

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:38:02

Number of reads: 935713

Percentage reads mapped: 28.35

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6390 p.Val384Glu missense_variant 0.12
gyrB 6392 p.Gln385Lys missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.21
rpoC 764354 p.Gln329* stop_gained 0.13
rpoC 764759 p.Asn464His missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777360 p.Ala374Val missense_variant 0.12
mmpS5 778653 p.Ala85Thr missense_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801311 p.Gly168Val missense_variant 0.15
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.17
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474584 n.927C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475120 n.1463G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476706 n.3049C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2153933 p.Ala727Ser missense_variant 0.18
katG 2156096 p.Pro6Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168392 p.Thr741Ser missense_variant 0.18
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.25
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987589 c.751C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3066099 p.Met31Ile missense_variant 0.14
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.21
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.42
clpC1 4040659 p.Ala16Thr missense_variant 0.15
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407964 p.Ala80Glu missense_variant 0.13