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Run: ERR4816833

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Run ID: ERR4816833

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:39:22

Number of reads: 1706262

Percentage reads mapped: 88.05

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5081 c.-159G>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471819 n.-27C>T upstream_gene_variant 0.12
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1473618 n.-40G>T upstream_gene_variant 0.33
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473696 n.39T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473698 n.41G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473719 n.62G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473724 n.67T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473731 n.74T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473750 n.93C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474285 n.628_629insA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474290 n.634_649delTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476091 n.2434_2435insG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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