TB-Profiler result

Run: ERR4818663
Summary

Run ID: ERR4818663

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:40:59

Number of reads: 544511

Percentage reads mapped: 78.48

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5568 p.Asp110Val missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.94
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765876 p.Val836Ala missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781682 c.123T>C synonymous_variant 0.11
fbiC 1303922 p.Ile331Asn missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472669 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169736 p.Gly293Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065950 p.His81Arg missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474165 c.159C>G synonymous_variant 0.14
ddn 3986818 c.-26G>T upstream_gene_variant 0.92
clpC1 4039484 c.1221T>G synonymous_variant 0.29
embC 4240237 c.375G>A synonymous_variant 0.11
embC 4240648 c.786C>T synonymous_variant 0.27
embC 4240995 p.Ala378Val missense_variant 0.11
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244223 p.Ala331Thr missense_variant 0.11
whiB6 4338276 c.246C>A synonymous_variant 0.17
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0