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Run: ERR4831839
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Run ID: ERR4831839

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:09:21

Number of reads: 1516946

Percentage reads mapped: 89.18

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.97
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.93
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.91
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761110 p.Asp435Val missense_variant 0.75 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.84 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289103 p.Thr47Ala missense_variant 0.16 pyrazinamide
folC 2747151 p.Ser150Gly missense_variant 0.97 para-aminosalicylic_acid
embB 4247730 p.Gly406Asp missense_variant 0.92 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 0.11
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.93
rpoB 761990 c.2184G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.21
rpoC 763531 c.162G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.93
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.7
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.97
atpE 1461149 c.105T>G synonymous_variant 0.1
atpE 1461161 c.117C>G synonymous_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471753 n.-93C>A upstream_gene_variant 0.17
rrs 1471879 n.34G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472266 n.421C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473812 n.155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473814 n.157A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473839 n.182G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473888 n.231T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473970 n.313G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474047 n.390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474125 n.468C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474181 n.524_525insT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474305 n.648G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474639 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475082 n.1425C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475202 n.1545G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475209 n.1552G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475213 n.1556C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475220 n.1563G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475443 n.1786G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475475 n.1818C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475573 n.1916G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475760 n.2105_2106delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475767 n.2110G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475989 n.2332T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476178 n.2521C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476184 n.2527G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476547 n.2890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476576 n.2919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476657 n.3000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476665 n.3008T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476666 n.3009C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476684 n.3027C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
inhA 1674747 c.546C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.88
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.1
Rv1979c 2222357 p.Thr270Ala missense_variant 0.78
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.24
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612469 c.648A>G synonymous_variant 0.12
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiA 3640375 c.-168C>A upstream_gene_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.91
embB 4247151 p.Arg213Gln missense_variant 0.78
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.97
aftB 4268629 p.Gly70Ser missense_variant 0.29
ethA 4326899 p.Pro192Leu missense_variant 0.97
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.93