TB-Profiler result

Run: ERR9117763
Summary

Run ID: ERR9117763

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:30:37

Number of reads: 3789522

Percentage reads mapped: 94.09

Strain: lineage3

Drug-resistance: HR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305456 c.2526C>T synonymous_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474069 n.412G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474416 n.759C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475159 n.1502G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155865 p.Val83Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167745 c.2868C>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.14
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407797 p.Ser136Pro missense_variant 1.0