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Run: SRR10315486
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Run ID: SRR10315486

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:07:22

Number of reads: 4959201

Percentage reads mapped: 82.77

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761109 p.Asp435Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.99
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.21
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475055 n.1398T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0