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Run: SRR5818572
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Run ID: SRR5818572

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:36:16

Number of reads: 2799096

Percentage reads mapped: 88.08

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762694 p.Asn963Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473995 n.338G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475400 n.1743C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065390 p.Arg268Cys missense_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268683 p.Gly52Arg missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0