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Run: SRR6982272
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Run ID: SRR6982272

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:32:27

Number of reads: 39348

Percentage reads mapped: 13.53

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.96
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
fbiC 1305187 p.Leu753Met missense_variant 1.0
Rv1258c 1406890 p.Asn151Asp missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476665 n.3008T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169544 p.Gly357Ser missense_variant 0.5
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0