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Run: SRR6982509
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Run ID: SRR6982509

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:39:34

Number of reads: 267477

Percentage reads mapped: 60.84

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.98
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 0.96
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 0.95
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 0.9
gyrB 5592 p.Gly118Ala missense_variant 0.18
gyrB 6929 p.Ala564Ser missense_variant 0.12
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 0.86
gyrA 7258 c.-44G>A upstream_gene_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8750 c.1449C>T synonymous_variant 0.14
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575575 c.228G>T synonymous_variant 0.2
mshA 575669 c.322C>T synonymous_variant 0.2
ccsA 620039 p.Pro50Leu missense_variant 0.4
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.27
rpoB 761259 p.Gly485Arg missense_variant 0.11
rpoB 761586 p.Asp594Asn missense_variant 0.12
rpoC 763776 p.Ile136Thr missense_variant 0.2
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765823 c.2456dupG frameshift_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775893 p.His863Arg missense_variant 0.22
mmpS5 778793 p.Leu38* stop_gained 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781852 p.Ile98Asn missense_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.6
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473826 n.169A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rpsA 1834449 p.Lys303Met missense_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102599 c.444T>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2170386 p.Leu76Arg missense_variant 0.22
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288941 p.Gly101Arg missense_variant 0.14
pncA 2289113 c.129C>T synonymous_variant 0.25
pncA 2289822 c.-581G>A upstream_gene_variant 0.22
pncA 2290107 c.-866T>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2747318 p.Gly94Asp missense_variant 0.15
pepQ 2859348 c.1071G>A synonymous_variant 0.18
Rv2752c 3065480 p.Phe238Leu missense_variant 0.22
Rv2752c 3066242 c.-51G>T upstream_gene_variant 0.15
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.77
thyA 3074651 c.-180C>A upstream_gene_variant 0.14
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568741 c.-62A>G upstream_gene_variant 0.18
fbiA 3640772 p.Arg77Leu missense_variant 0.11
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