Run ID: ERR1679641
Sample name:
Date: 31-03-2023 14:55:15
Number of reads: 420411
Percentage reads mapped: 83.75
Strain: lineage4.6.4
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.4 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gid | 4407851 | c.351delG | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5077 | c.-163_-162insC | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
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gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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rpoC | 764159 | p.Leu264Met | missense_variant | 0.1 |
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mmpL5 | 777432 | p.Ala350Val | missense_variant | 0.12 |
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Rv3236c | 3612314 | p.Asp268Val | missense_variant | 0.17 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |