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Run: ERR1679641
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Run ID: ERR1679641

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:55:15

Number of reads: 420411

Percentage reads mapped: 83.75

Strain: lineage4.6.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.4 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4407851 c.351delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5077 c.-163_-162insC upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9121 p.Arg607His missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760978 p.Glu391Gly missense_variant 0.18
rpoC 764159 p.Leu264Met missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777432 p.Ala350Val missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472860 n.1015C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474750 n.1093C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154714 c.1398A>T synonymous_variant 0.11
katG 2155065 c.1047C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2169723 p.Ile297Asn missense_variant 0.18
PPE35 2169862 p.Asn251His missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289274 c.-33G>A upstream_gene_variant 1.0
eis 2714393 p.Val314Leu missense_variant 1.0
ahpC 2725941 c.-252C>T upstream_gene_variant 0.1
folC 2746538 p.His354Arg missense_variant 0.22
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612314 p.Asp268Val missense_variant 0.17
rpoA 3878078 p.Arg144Cys missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338280 p.Ile81Thr missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0