Run ID: ERR176672
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:09:14
Number of reads: 1886169
Percentage reads mapped: 75.68
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
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lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8016 | p.Gly239Ser | missense_variant | 0.94 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.4 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1407281 | c.60C>T | synonymous_variant | 0.93 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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