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Run: ERR2513681
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Run ID: ERR2513681

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:50:14

Number of reads: 711899

Percentage reads mapped: 83.39

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
pncA 2289208 p.Asp12Asn missense_variant 0.13 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 6210 p.Leu324Pro missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8884 p.Arg528Leu missense_variant 0.14
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575635 c.288A>G synonymous_variant 0.17
mshA 575806 c.459G>A synonymous_variant 0.12
ccsA 620027 p.Pro46Gln missense_variant 0.18
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 760707 p.Asp301Asn missense_variant 0.17
rpoB 761472 p.Arg556Cys missense_variant 0.17
rpoB 762205 p.Val800Gly missense_variant 0.18
rpoB 762615 p.Gly937Cys missense_variant 0.18
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.12
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.22
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765832 c.2463G>A synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777812 c.669C>T synonymous_variant 0.17
mmpS5 778715 p.Gly64Asp missense_variant 0.13
mmpR5 779248 p.Gly87Arg missense_variant 1.0
rpsL 781368 c.-192T>G upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.12
fbiC 1303486 p.Gly186Arg missense_variant 0.12
fbiC 1304680 p.Val584Ile missense_variant 0.2
fbiC 1304997 p.Leu689Phe missense_variant 0.18
Rv1258c 1406503 p.Val280Leu missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.29
rrl 1473470 n.-188A>C upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474908 n.1251G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475750 n.2093A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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