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Run: ERR4188202
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Run ID: ERR4188202

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:57:25

Number of reads: 731142

Percentage reads mapped: 46.57

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8048 c.747C>A synonymous_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801454 p.Glu216Gln missense_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471935 n.90T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472120 n.275G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472983 n.1138A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472986 n.1142delG non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147_1148insT non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473124 n.1279A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
inhA 1673715 c.-487C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 0.95
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
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PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
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PPE35 2169365 c.1248C>T synonymous_variant 0.15
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
Rv2752c 3065276 p.Gly306Cys missense_variant 0.14
thyA 3074077 p.Ala132Asp missense_variant 0.2
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
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embC 4242642 p.Arg927His missense_variant 1.0
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aftB 4267167 p.Gln557Pro missense_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
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aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269616 p.Asn73Ser missense_variant 0.11
ethA 4326024 p.Pro484Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407673 p.Val177Ala missense_variant 0.12